我園研究人員與黑龍江農(nóng)業(yè)科學院合作解析大豆GmJAG1新的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序（Motif）

轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序（TF Binding Motif）是轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到下游基因的一段保守DNA序列，通常為6-10bp長度，是基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的重要元件，其突變往往會改變植物基因組穩(wěn)定性以及轉(zhuǎn)錄因子對下游基因表達調(diào)控的能力。

   大豆GmJAG1是著名的QTL（Ln locus）上的一個關鍵轉(zhuǎn)錄因子，控制大豆開花、果莢、種子發(fā)育過程。然而，目前GmJAG1是如何調(diào)控植物體內(nèi)基因表達，從而最終塑造植物表型的分子機制目前沒人報道，其比較關鍵的因素在于目前GmJAG1結(jié)合到基因組的DNA上的過程暫不清楚。為了進一步解析GmJAG1結(jié)合的motif，作者利用目前比較廣泛使用的DNA親和純化測序方法（DAP-seq），對GmJAG1結(jié)合位點進行全基因組分析，并且利用de novo的Motif預測方法對GmJAG1結(jié)合的保守區(qū)域進行預測，發(fā)現(xiàn)兩個新的GmJAG1 Motif，分別命名為M1和M2，進一步利用EMSA實驗做進一步驗證。作者同時利用Motif掃描，預測了GmJAG1在大豆全基因組的調(diào)控網(wǎng)絡。這些發(fā)現(xiàn)，為后續(xù)解析GmJAG1的調(diào)控分子機制奠定扎實的工作基礎。

相關研究以“Identification of the New GmJAG1 Transcription Factor Binding Motifs Using DAP-Seq”，在Plants（中科院2區(qū)，IF 4.4）上發(fā)表。黑龍江農(nóng)業(yè)科學院大豆研究所所長王金星為第一作者，江西省、中國科學院廬山植物園生物信息學組胡玉芳為論文通訊作者。文章得到黑龍江科技創(chuàng)新計劃、江西省自然科學基金的支持。

（文章鏈接：https://doi.org/10.3390/plants13121708）